O Ministério da Saúde é o responsável final pelas ações do Brasil sem Miséria e do Programa de Aceleração do Crescimento (PAC) direcionadas aos doentes de Chagas. Desde o início da publicação da série de reportagens do Correio, a pasta se silencia no que diz respeito às ações específicas para Chagas. Nas duas vezes em que foi questionado sobre os investimentos para combater a doença, o ministério informou, via assessoria de imprensa, que a transmissão da doença está "efetivamente" interrompida no Brasil ou que a incidência mantém-se "estável" ao longo dos últimos anos.
A pasta não informou quanto investe especificamente no combate à doença. Disse genericamente que ações de prevenção e controle de doenças negligenciadas - "uma delas, a doença de Chagas" - contaram com R$ 1,4 bilhão no ano passado e têm "garantidos" R$ 1,7 bilhão neste ano. No Brasil sem Miséria, cabe ao Ministério da Saúde o combate às doenças negligenciadas.
A assessoria de imprensa ignorou também os questionamentos da reportagem sobre a paralisia do programa de melhoria habitacional e sobre o represamento do dinheiro para a reforma das casas. Informou apenas que a Fundação Nacional de Saúde (Funasa), subordinada à pasta, empenhou (emitiu garantias de pagamento) R$ 274,9 milhões para as ações entre 2008 e 2010.